Outra consequência prática da passagem de Bolsonaro pela presidência foram as atrapalhadas envolvendo a presença de militares em cargos-chave do governo. Essa aproximação entre fardados e política gerou crises em série, com inevitáveis desgastes para a imagem das Forças Armadas.
A esperada reputação de neutralidade das Forças foi para as cucuias.
Um dos exemplos mais notáveis é a performance envolvendo Eduardo Pazuello, um general do Exército, no comando do ministério da Saúde.
Sua gestão foi marcada por erros, falta de planejamento e má fé, o que levantou dúvidas sobre a competência dos militares no enfrentamento de uma crise de governo.
Houve também casos em que militares se envolveram em episódios de corrupção ou foram acusados de irregularidades, e até um episódio de tráfico internacional de cocaína em aeronave da presidência da República.
A presença dos militares no governo também foi associada a políticas e ideologias condenáveis.
Setores importantes da sociedade enxergaram neles uma influência excessiva na condução de pautas de extrema-direita, como se pode observar na invasão dos três poderes em 8 de janeiro e nas vigílias pelo golpe entre o fim do governo do capitão e início da gestão do presidente Lula.